В начале марта 1896 разведка установила факт переписки между Шварцкоппеном и майором Ф.Вальсеном-Эстергази. Ее глава (с июля 1895) полковник Ж.Пикар, обнаружив идентичность почерка Ф.Эстергази и почерка автора бордеро, пытался убедить руководство Генштаба в невиновности А.Дрейфуса и виновности Ф.Эстергази, однако натолкнулся на глухое, но упорное противодействие Ш. де Буадефра и его заместителя Ш.А.Гонса, озабоченных сохранением "чести мундира" (сентябрь); чтобы заставить Ж.Пикара замолчать, военный министр генерал Ж.-Б.Бийо перевел его в Тунис. Новый начальник разведки Ю.-Ж.Анри представил руководству Генштаба еще один документ ("Александрина"), будто бы найденный в немецком посольстве, – письмо Шварцкоппену от итальянского военного атташе Паниццарди, в котором прямо называлось имя А.Дрейфуса.
Воспользовавшись сообщением газеты "Эклер" 9 и 14 сентября о существовании "секретного досье", скрытого от защиты, жена осужденного обратилась 18 сентября к Палате депутатов с ходатайством о пересмотре дела. 6 ноября 1896 журналист Б.Лазар издал брошюру Судебная ошибка. Правда о Деле Дрейфуса (Une erreur judicière. La vérité sur l'Affaire Dreyfus), однако ему не удалось организовать движение за пересмотр приговора. В июне 1897 Ж.Пикар сообщил о невиновности А.Дрейфуса своему адвокату и другу Л.Леблуа, передав ему письма Ш.А.Гонса, в которых говорилось о возможности судебной ошибки. 13 июля Л.Леблуа информировал об этом вице-председателя Сената О.Шерера-Кестнера, который в августе-сентябре предпринял ряд шагов в защиту А.Дрейфуса в прессе и политических кругах. Но его обращения к президенту Ф.Фору, премьер-министру Ж.Мелину, военному министру Ж.-Б.Бийо и министру юстиции Ж.Б.Дарлану оказались безрезультатными (октябрь-ноябрь). Против О.Шерера-Кестнера была развязана газетная травля, инспирированная Генштабом. В то же время образовалась группа сторонников А.Дрейфуса (дрейфусары); ее возглавили О.Шерер-Кестнер, писатель Э.Золя и журналист Э.Арен. 13–14 ноября они начали кампанию в печати за пересмотр дела; сначала их рупором была газета "Фигаро", затем "Орор". 15 ноября брат А.Дрейфуса Матье публично назвал Ф.Эстергази автором бордеро. Военному ведомству пришлось провести формальное расследование этих обвинений. Судебный процесс над Ф.Эстергази 4 декабря 1897 – 11 января 1898 закончился его оправданием. Ж.Пикар был обвинен в клевете и заключен на два месяца в тюрьму. 13 января 1898 антидрейфусары провалили О.Шерера-Кестнера на перевыборах руководства Сената.
В тот же день "Орор" опубликовала открытое письмо Э.Золя президенту Ф.Фору под заголовком Я обвиняю (J'accuse), в котором были поименно названы высокопоставленные виновники юридического беззакония – генералы О.Мерсье, Ж.-Б.Бийо, Ш.де Буадефр и Ш.А.Гонс. Оно имело огромный резонанс; дело приобрело общественное и политическое значение. Вопрос о судьбе А.Дрейфуса превратился в вопрос о судьбе Третьей республики и важнейших ее институтов – армии и правосудия. Франция раскололась на два лагеря. Антидрейфусары опирались на поддержку католической церкви, военных кругов, монархистов, националистов, большинства умеренных республиканцев, Академии. В рядах дрейфусаров находились многие представители интеллектуальной элиты – А.Франс, Р.Роллан, Ш.Пеги, Э.Ростан, О.Мирбо, Ж.Ренар, П. де Мопассан, М.Пруст, К.Моне, Ф.Бюиссон – и часть левых политиков (А.Ранк, Ж. Клемансо, Ж.Жорес, Ж.Гед и др.).
В первой половине 1898 общественные симпатии были на стороне антидрейфусаров. Президент, правительство и большинство парламентариев решительно выступали против пересмотра приговора 1894. После выхода статьи Я обвиняю Палата депутатов проголосовала за предание суду Э.Золя и редактора "Орор" Перро. 18 января депутаты-социалисты заявили о своей незаинтересованности в судьбе А.Дрейфуса. По всей Франции прошли антисемитские манифестации. Военный министр инициировал судебный процесс (7 февраля 1898) против Э.Золя и Перро; 23 февраля за оскорбление военного правосудия Э.Золя был приговорен к одному году, а Перро к четырем месяцам тюремного заключения; на обоих наложили штраф в 3 тыс. франков. В ответ Л.Трарье основал Лигу прав человека, ставшую организационным центром дрейфусаров. 24 февраля премьер Ж.Мелин заявил в парламенте об исчерпанности дела А.Дрейфуса, Э.Золя и Ж.Пикара, обрушившись с угрозами на их защитников. 26 февраля Ж.Пикар был уволен из армии. 8 апреля военный трибунал потребовал лишить Э.Золя ордена Почетного легиона. 10 апреля националистически настроенная толпа совершила нападение на его дом в Медане.
Вокруг дела А.Дрейфуса сконцентрировалась вся политическая жизнь Франции. Оно оказалось в фокусе парламентских выборов 8 и 22 мая, которые, несмотря на поражение ряда дрейфусаров-социалистов (Ж.Жорес, Ж.Гед), продемонстрировали сильный сдвиг влево; значительное число мест получили радикалы. 15 июня пал кабинет ярого антидрейфусара Ж.Мелина; 28 июня к власти пришло правительство радикала А.Бриссона, в котором пост военного министра занял антидрейфусар Г.Кавеньяк. 5 июля жена А.Дрейфуса вновь обратилась с просьбой о пересмотре дела. 7 июля Г.Кавеньяк огласил в парламенте содержание трех документов из "секретного досье", в том числе "Александрины". 8 июля Ж.Пикар в газете "Тан" назвал "Александрину" фальшивкой, а два других документа – не имеющими отношения к А.Дрейфусу. 11 июля кузен Ф.Эстергази Кристиан обвинил своего родственника в сговоре с Ю.-Ж.Анри и Дюпати де Кламом. 12 июля военные власти возбудили расследование против Ж.Пикара и Л.Леблуа за передачу гражданским лицам сведений, имеющих оборонное значение. 13 июля Ж.Пикар был вновь арестован. 18 июля суд департамента Сены-и-Уазы подтвердил приговор, вынесенный Э.Золя 23 февраля и отмененный Кассационным судом 2 апреля. Чтобы избежать тюрьмы, писатель уехал в Англию. 26 июля его временно лишили ордена Почетного легиона. 10 августа Ж.Жорес начал публикацию серии статей в газете "Малая республика", оспаривая подлинность представленных Г.Кавеньяком документов. 11 августа Г.Кавеньяк предложил правительству предать всех дрейфусаров Верховному суда. Однако 13 августа в результате внутреннего расследования в военном министерстве выяснилось, что "Александрина" – подделка; 30 августа Ю.-Ж.Анри признался Г.Кавеньяку, что ее изготовили по его приказу. В тот же день он был арестован, а 31 августа покончил с собой.
Разразился грандиозный скандал. Ш. де Буадефр и Г.Кавеньяк подали в отставку. 3 сентября Ф.Эстергази был уволен из армии, 4 сентября он бежал из Франции. Общественное мнение стало склоняться на сторону дрейфусаров. 17 сентября правительство высказалось за пересмотр дела; 26 сентября министр юстиции Ф.Сарьен дал ход прошению жены А.Дрейфуса. 25 октября, однако, правым удалось свергнуть кабинет А.Бриссона. 24 ноября Ж.Пикар предстал перед военным трибуналом. 31 декабря антидрейфусары создали антисемитскую Лигу французских патриотов во главе с П.Деруледом.
К началу 1899 дрейфусары уже имели перевес над своими противниками. 18 февраля, после смерти антидрейфусара Ф.Фора, президентом был избран дрейфусар Э.Лубе. 23 февраля провалилась попытка государственного переворота, предпринятая Лигой французских патриотов при тайной поддержке высшего офицерства. 3 июня Кассационный суд принял решение о пересмотре дела. 5 июня Э.Золя вернулся во Францию. 13 июня следствие над Ж.Пикаром и Л.Леблуа было прекращено за отсутствием состава преступления. 26 июня к власти пришел кабинет П.Вальдека-Руссо, который уволил всех генералов, противодействовавших возобновлению дела А.Дрейфуса. 18 июля в газете "Матен" появилось заявление Ф.Эстергази о том, что он написал бордеро по приказу начальства. Однако 9 сентября суд в Ренне снова признал А.Дрейфуса виновным, правда "со смягчающими обстоятельствами", и приговорил его к десяти годам каторжных работ. Ситуация накалилась до предела; Франция оказалась на грани гражданской войны; ее захлестнула волна демонстраций за и против приговора. Стремясь прекратить конфликт, президент 19 сентября помиловал А.Дрейфуса под предлогом плохого состояния здоровья. 14 декабря 1900 П.Вальдек-Руссо провел через парламент закон об амнистии всех причастных к этому делу.
5 марта 1904 Кассационный суд по просьбе самого А.Дрейфуса инициировал новое расследование, а 12 июля 1906 отменил Реннский приговор и полностью его реабилитировал. 13 июля А.Дрейфус и Ж.Пикар были восстановлены на военной службе; первому присвоили чин майора, второму – чин бригадного генерала. 20 июля А.Дрейфус получил звание кавалера Почетного легиона.
Дело А.Дрейфуса имело важные политические последствия для Третьей республики. Оно значительно ослабило позиции консервативных сил французского общества – монархистов, клерикалов, умеренных республиканцев; снизился авторитет церкви и армии. В то же время окончательно утвердился республиканский строй; возросло политическое значение демократических сил; на авансцену политической жизни вышли партии радикалов и социалистов. Дело оказалось также серьезным нравственным испытанием для французской нации, которая в своем большинстве смогла преодолеть укоренившиеся предрассудки ради принципа справедливости. Борьба против милитаризма, национализма и антисемитизма способствовала оздоровлению общественной атмосферы во Франции, формированию активного гражданского и правового сознания. Дело имело огромный международный резонанс, став символом защиты отдельной личности от беззакония и произвола государственных институтов. В России в поддержку А.Дрейфуса выступили А.П.Чехов, Л.Н.Толстой, А.М.Горький.